Am Ausgang des Mittelalters wurden die wichtigsten Urkunden des Landes Hadeln vermutlich in einer Lade in der St. Nicolai-Kirche in Altenbruch verwahrt. Zur selben Zeit und in Konkurrenz zu dieser Keimzelle eines landständischen Archives entstanden verschiedene Depots in Otterndorf, das von den Herzögen von Sachsen-Lauenburg als Landesherren (bis 1689) u. a. durch die erste Verleihung des Stadtrechts von 1400 besonders gefördert wurde.
Diese Archive gerieten in der Folgezeit in Unordnung, so dass sich zu Beginn des 20. Jahrhunderts öffentliches Archivgut in den Abstellräumen von Kirchen, Schulen und Gemeindeverwaltungen und zum großen Teil auch in Privatbesitz befand.
Im Beisein von Hinrich Wilhelm Kopf, des ersten Ministerpräsidenten Niedersachsens, wurde deshalb am 28. August 1948 in Otterndorf das erste Kreisarchiv des des 1946 gegründeten Landes Niedersachsens eröffnet.
Zunächst war das gesamte Archiv im Speicher des Kranichhauses untergebracht. Das benachbarte ehemalige Landratsamt kam 1982 als zweites Archivgebäude hinzu. Es beherbergt heute die Büroräume, weitere Magazine sowie eine Werkstatt für kleinere Instandsetzungen.